Rogue Waters narra las peripecias del Capitán Cutter, un pirata decidido a encontrar un tesoro legendario y a vengarse de su enemigo inmortal, el Capitán Blackbone. La historia comienza cuando Cutter descubre una profecía sobre un antiguo poder oculto. A lo largo de su aventura, forma una tripulación de piratas y se enfrenta a numerosos…